۶۸ سال بعد از زدن رگ میرزا محمدتقی‌خان فراهانی در حمام فین کاشان، با شلیک گلوله‌های اسماعیل قزاق، در زیرزمین خانه شیخ حسنعلی میانجی به قتل رسید و پیکر بی‌جانش به مقر فرماندهی مخبرالسلطنه منتقل شد و بدون تشریفات در گورستان امامزاده سید حمزه تبریز دفن شد.

انتظار درگیری با این شخصیت موجهِ ملی را نداشت و اصلا گمان نمی‌کرد علیه‌اش اسلحه بکشد اما اسماعیل قزاق، گماشته او در کمال ناباوری بعد از شناسایی مخفیگاهش با دستور کلنل روس، کار را تمام می‌کند و شیخ با شلیک چند گلوله به شهادت رسید